吸附式干燥机最常见的故障可分为器质性、负载性和再生性三类：
1、器质性故障是由干燥器上某一零部件损坏所引起的，如阀门损坏、消声器故障和控制器失灵等。工作寿命终了和遭外力破坏时发生器质性故障的主要原因。这类故障往往是在无先兆或先兆不明的情况突然发生，但较容易判断，也容易处理。
2、负载性故障的主要原因是设备超负荷运行，其主要表现为出口排气露点升高。压缩空气处理量增大、进其温度升高或进气压力降低等是造成吸附干燥机超负荷工作的常见原因。多数情况下，负载性故障不打容易被觉察，但后果也不会太严重，且较容易处理。
3、再生性故障是由“再生能耗不足”引起的。其显性表征有：再生尾气排放温度过低、尾气带水，消声器或排气阀外表结露、再生塔的外表温度低于环境温度或出现 “外壁结露”等；而隐性弊症则是“塔内结露”— —即由于能量载体（干燥气）供给不足，解吸出来的水汽不能在规定时间里全部排出，冷却时剩余水汽就会在吸附床内凝聚成液态水 ——这是极端有害的。实践表明：吸附干燥机运行中所发生的许多“疑难杂症”几乎都与 “再生能耗不足”有关。 再生性故障由于隐蔽性强、潜伏时间长，而且往往还掺杂有认为因素家（如“惜耗”心理）或先发因素（如选型不当），所以处理起来比较困难。这类故障对吸附干燥机运行及整体性能都有较大的危害，增加再生能耗是这类故障最直接有效的办法。
吸附式干燥机出现故障的原因可能是压缩空气含油量、温度、压力等外部因素引起，所以应在额定温度压力条件下使用，当进气温度高于或进气压力低于额定值时，应进行容量修正，并且要保证环境温度、含油量稳定。当有“冷干机前置”时，吸附干燥机与冷干机的连接，只要场地许可，应尽量分体安装，以减少空气压降，改善冷干机通风条件及便于日常的维护检修。
